
#Genera una caja cúbica de 3.2 nm de lado con moleculas de agua tipo spc 
#gmx solvate -cs spc216.gro -box 3.2

#Agrandamos la caja en la dirección z
#gmx editconf -f out.gro -box 3.2 3.2 10.0

#Precompilar para generar .tpr (necesario para gmx genion)
#gmx grompp -f aguaion.mdp -c out.gro -p aguaion.top        

#Remplaza aleatoriamente moleculas de agua por 20 iones Na+ y 20 iones Cl-
#Necesita el archivo .tpr por eso se corre este paso luego de grompp
#gmx genion -s topol.tpr -np 20 -nn 20 -pname NA -nname CL 

#Convertimos el archivo .gro en .pdb para luego visualizarlo con pymol
#gmx editconf -f out.gro -o out.pdb
#Generar log.pml en pymol
#pymol out.pdb log.pml

#Ajustar los archivos aguaion.mdp y aguaion.mdp para la corrida
#Precompilar para la corrida
#gmx grompp -f aguaion.mdp -c out.gro -p aguaion.top        

#Ejecutar mdrun para generar las trayectorias
#gmx mdrun -v

#De generarse un coredump -> utilizar steep para minimizar energia (salida confout.gro)

#Visualizar Temperatura, Energía Potencial, Energía Cinética, Energía Total, Presión, Componentes x, y, z de la presión y TS  
#gmx energy
#xmgrace energy.xvg

#Generar el archivo indice y agregar OW, HW1, y HW2
#gmx make_ndx -f out.gro

#Visualizar index.ndx. ¿Para qué sirve este archivo?

#Convertir trayectoria
#gmx trjconv -f traj_comp.xtc -o trajout.pdb -pbc mol
#¿Para que sirve -pbc mol?

#Visualizar la trayectoria con pymol
#pymol trajout.pdb log.pml

#Generar funciones de distribucion radial OW-Na OW-CL
#gmx rdf -f trajout.pdb -n index.ndx

#Generar perfiles de densidad total, NA, CL, H2O
#gmx density -f trajout.pdb -n index.ndx -sl 500
#¿Para que sirve -sl 500?


