# Los comandos son tomados de la página
# http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/
# Aquí sólo se resumen los comandos de la primera parte (generar el sistema, minimizarlo y correrlo)
# Los archivos que se encuentran en la carpeta se consiguieron siguiendo las instrucciones de la página

# Generar archivos .top (o .itp) y .gro (topologia y configuración inicial)
# gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce

# Ajusta la caja de simulación
# gmx editconf -f 1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic

# Solvata la proteina
# gmx solvate -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top

# Gromp para luego utilizar genion
# gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

# Agrega iones
# gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8

# Prepara minimización de energía
# gmx grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
# gmx mdrun -v -deffnm em
# Visualizar minimización
# gmx energy -f em.edr -o potential.xvg

# Corrida para equilibrar el sistema
# gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
# gmx mdrun -deffnm nvt





 





